パソコンでメールを消してもメールサーバーが空かない場合の対応について
多くの場合、パソコンのメールソフトから削除するとサーバーのメールも消えますが、解消しない場合には下記をお試しください。
全てのフォルダを確認する
受信フォルダだけでなく、送信フォルダやアーカイブフォルダ、下書き、ゴミ箱、迷惑メールフォルダに入っているメールもメールサーバーの容量として加算されます。
これらのフォルダが容量を圧迫している可能性もございますので、併せてご確認ください。
容量の大きいメールを削除する
メールは1通ごとにデータ量が異なり、一般に添付ファイルが付いたものなどが重たくなります。
サーバー容量はデータ量によって圧迫されますので、件数を多く削除しても改善されない場合は、データ量の大きいメールの削除をお進めください。
WEBメールから削除する
お使いのメールソフトによっては、メールソフト内で削除を行っても、メールサーバー上のデータが削除されない場合があります。
もしメールソフトの仕様で削除を行っても容量が空かないようでしたら、Webメールにアクセスして削除をお試しください。
参考情報1 : WEBメールへのアクセス方法について
https://www.xserver.ne.jp/login_mail.php にアクセスし、メールアドレス とパスワードを入力しログインしてください。
参考情報2 : サーバーの容量表示
WEBメールを開くと、サーバーの使用量が表示されています。

メールサーバー容量の追加(有償対応)
メールサーバーの容量は、追加することができます。
メールサーバーの容量追加をご希望の場合は、サポート窓口へご連絡ください。
ご質問へのお返事として不足はございませんでしょうか。
不足やご不明点がありましたらお気軽にお知らせください。
ご確認の程、よろしくお願いいたします。