サーバー容量を空ける操作はお使いのメールソフトの設定により異なるので、下記の順にお試しください。
１．メールソフトで不要なメールを削除する。
通常はパソコンのメールソフトから削除すればサーバーのメールも消えます。
上記の方法で消えない場合にはメールソフトの機能で、『サーバーにメッセージのコピーを置く』という機能があり、当機能のタグのチェックを外したり『メッセージ受信後にメッセージのコピーをサーバから削除』にチェックを入れるといった作業が必要となります。
OutlookやApple Mailなどでも設けられている機能で、一般的にはアカウント設定内のいずれかの箇所にありますが、ソフトの種類やバージョンによって異なりますので、正確な情報はお使いのメールソフトのヘルプ画面や公式ページをお調べください。
２．パソコンでメールを消してもメールサーバーが空かない場合
メールソフトから削除する方法の他にWEBメールでアクセスして削除する方法があります。
WEBメールについて
https://www.xserver.ne.jp/login_mail.php にアクセスし、メールアドレス とパスワードを入力しログインしてください。
受信ボックスを開き不要なメールを削除しますとメールサーバーの容量が空きます。
３．サーバー容量の追加
メールのデータを消せない場合には有償でサーバーの容量を追加することができます。
ご希望の場合は下記URL（問い合わせフォーム）よりお知らせください。
問い合わせフォームへの記載事項
フォーム内のご相談内容欄に下記内容をご記載くださりますと適切にご案内ができますのでご記載ください。
用件：メールサーバーの容量追加について問い合わせ
対象メールアドレス：
連絡事項：金額の案内をお願いします。
ご記載頂きたい内容は以上です。
ご確認のほどよろしくお願いいたします。